【2025年版】システム開発・アプリ開発で使える補助金4選

2025年版システム開発・アプリ開発で使える補助金４選。システム開発やアプリ開発で使える人気の補助金は、例えば、ものづくり補助金、新事業進出補助金（中小企業新事業進出促進事業）、事業再構築補助金、IT導入補助金等が候補としてあげられます。他にも様々な補助金がありますが、経済産業省でも人気の高いこれらの補助金について、詳しくみていきたいと思います。

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【2025年版】システム開発で使える補助金一覧

システム開発で活用できる補助金は中小企業向け。とくに経済産業省の補助金がほとんどです。他にも地方自治体でシステム開発費を認めているケースもあります。ただし、地方自治体の補助金は多くても数十万円から数百万までと、金額が比較的少額であることが多いです。生成AIを活用した開発等は数千万円規模となることもありますよね。よって、今回は比較的、補助金の受給額の大きい、経済産業省系の補助金についてご紹介したいと思います。

※補助金の上限は年度や申請枠によって異なりますので、必ず最新の公募要領をご確認ください

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2025年のシステム開発で使えるものづくり補助金

システム開発で使える補助金の代表例としてはものづくり補助金でしょう。例えば、生成AIを活用した高度なスクラッチ開発等で利用できる可能性の高い大型補助金です。補助金の上限は4,000万円（グローバル枠の場合）となります。業務の効率化、DX化のためでも申請は可能ですが、今よりサービスが良くなる。つまり、現在のサービスのためだけでなく、サービスの高付加価値化につながることが要件となります。

当社のものづくり補助金申請サポートはこちらから

コンサルタント選びのポイントはこちらから

ものづくり補助金ポータルサイトはこちらから（経済産業省）

ものづくり補助金を申請する注意事項

以前の「ものづくり補助金」は、効率化だけの開発でも利用できました。しかし、近年のものづくり補助金では、効率化だけでなく、サービスの高付加価値化が必要です。つまり、今よりサービスがよくなる。新サービスの開発につながる。そんなシステムの開発案件で申請することができます。とくに生成AIを活用した新サービスや、最新のデジタル技術を活用したものが採択を受けやすいようです。

システム開発案件、採択の実績

当社ではものづくり補助金を1,000社ほど支援させていただきました。採択率は約90％となっています。システム開発の案件はそのうち３割程度。同じく採択率は90％前後となっています。AIの普及による高度な開発案件などで多数、採択の実績がございます。

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ものづくり補助金の上限、補助率など

システム開発、アプリ開発等で利用できるものづくり補助金の上限額や補助率は以下の通りです。

製品・サービス高付加価値化枠の上限

（　）内は大幅賃上げ特例措置による上限金額

とくに51名以上の補助上限が大幅にアップし、2,500万円（3,500万円）となりました。

ものづくり補助金ポータルサイト（中小企業庁）

補助金・助成金採択支援どっとコムのものづくり補助金サポート

システム開発で使える新事業進出補助金

ものづくり補助金についで2025年注目の補助金です。なお、本補助金の正式名称は中小企業新事業進出促進事業となります。例えば生成AIによる新サービス開発や、DX化と新サービスを組み合わせたスクラッチ開発等で使える大型補助金です。なお、本補助金は、2024年まで人気があった事業再構築補助金の後継補助金となります。

詳しい内容など、新事業進出補助金についてはこちらから

新事業進出補助金コンサルタント選びのポイントはこちら

システムの開発申請の注意事項

こちらはその名の通り、新事業のための補助金になります。既存事業のシステムの改修には使えないので注意が必要です。IT関連は成長産業のため、比較的申請は受かりやすいとも言えます。しかし、申請内容を練り込まないと、採択率が低下傾向（事業再構築補助金）にあるため、採択を得ることは難しいでしょう。

旧事業再構築補助金のシステム開発、採択実績

旧制度の事業再構築補助金の当社実績をご紹介します。補助金・助成金採択支援どっとコムでは約380社の申請をサポート、採択率は90％前後で推移しています。そのうちシステム開発に関係する案件は150件以上。同じく、システム開発案件の採択率も90％前後になっています。事業再構築補助金の開始当初こそ100％の採択もありました。しかし、近年では採択率が低下傾向にありますので、コンサルタントと連携した高度な事業計画が必要となるでしょう。

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新事業進出補助金の補助上限と補助率は？

新サービスの開発で使える事業再構築補助金とは？

こちらは上記の新事業進出補助金とほぼ同じ内容になります。ただし、令和７年３月での実施が最終回となり、締め切りは令和７年３月２６日となっています。申請をご検討の皆様は今すぐ申請準備をスタートするか、補助金・助成金採択支援どっとコムまでご相談ください。

第13回、事業再構築補助金のご紹介ページ

当社参考記事：事業再構築補助金などコンサルタント選びのポイント

参考：事業再構築補助金ポータルサイト（中小企業庁）

事業再構築補助金の上限と補助率

事業再構築補助金、2025年13回公募の申請類型、補助金の上限、補助率は以下の通りです。

※（　）内は短期に大幅賃上げを行う場合

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システム導入で使えるIT補助金とは？

経済産業省に登録されたITベンダー経由で申請を行う補助金です。こちらはスクラッチの開発では利用できません。経済産業省に登録されたITツールが申請の対象となります。

IT補助金申請の注意事項

こちらは先に述べた通り、スクラッチの開発では利用できません。ITツールがすでに登録されており、こちらから導入ツールを選ぶ形で申請します。よって、ご自身が導入したいツールが登録されているか。また、そのツールを扱うITベンダーについても登録を確認する必要があります。

IT補助金ポータルサイト（経済産業省）

システム開発の補助金申請ポイント

システム開発の補助金は後払い

経産省の補助金は基本的には事業完了後の後払いになります。つまり、採択されてから、開発が完了し、補助事業の完了報告を提出するまで、開発費用を立て替える必要があります。

単なるDX化の申請では採択は難しい

例えば自社の効率化、DX化のみに利用するシステム開発など、革新性のない開発は認められないケースが多いです。自社の効率化のみならず、業界でも新しいシステムであるなど、革新性のあるシステム開発が望ましいでしょう。

事業の終了期限が決められている

補助金は事業期間が明確に定められています。例えば2024年の補助金であれば、2024年12月までであるとか、交付決定から14ヶ月など、終了期限が定められています。開発が終わらなかった場合は、補助金支給自体が取り消しとなることもあるので注意が必要です。

採択後にシステム開発の詳細資料を求められることも

申請時の事業計画書には、例えばシステムの目的、機能、開発スケジュールなど、明確に内容を記載し、実際に計画に沿って進める必要があります。また、補助金が支給された後でも、システムの要件定義書、開発ベンダーが発行する詳細スケジュール、開発機能の検証書類等を求められるケースもあります。計画書に記載した内容通りに開発が終わらなかった場合、採択取り消しや補助金返納となるリスクもあります。実現可能、かつ必ず期間内に終わる内容で申請を行うようにしましょう。

コンサルタント利用で申請もスムーズ！補助金申請サポート活用法

補助金を活用するには厳しい審査を突破し、採択を受ける必要があります。ご自身でも申請自体はもちろん可能です。しかし、成功可能性を高めるためには、専門家である補助金コンサルタントの活用も検討すると良いでしょう。

専門家と相談するメリットを探る！

補助金コンサルタントを活用することで得られるメリットは多いでしょう。例えば、難易度の高い補助金で、採択率を高めることが可能です。また、コンサルタントの支援を受けることで、補助金受給までスムーズに補助事業を進めることができるでしょう。以下にコンサルタント活用の注意点をまとめました。参考になれば幸いです。

ものづくり補助金コンサルタント選びのポイント

新事業進出補助金コンサルタント選びのポイント

システム開発案件で当社が選ばれる理由

ご紹介した補助金の多くは採択率が低く、採択ハードルが高いものも多いです。例えばものづくり補助金など、高難易度の補助金こそ、申請代行業者を活用することも必要かもしれません。補助金・助成金採択支援どっとコムでは、システム開発やIT系のご相談、経済産業省の補助金のサポート依頼が数多く寄せられています。補助金・助成金採択支援どっとコムの選ばれる理由についてご紹介いたします。

採択率100％のコンサルタントも！高採択率コンサルが在籍

当社では、200名以上の経験豊富なコンサルタントを擁することで、システム開発の案件など、様々な補助金制度に対応しています。この強力な体制により、各企業のシステム開発ニーズに合わせた提案を行うことも可能です。例えばコンサルタントは常に当社の勉強会等で補助金やITの知見、最新の情報を取り入れ、制度の変更にも迅速に対応できる体制を整えています。

システム開発案件が得意なコンサル在籍！申請サポートの専門知識

さらに、各コンサルタントはIT業界や補助金制度に特化した専門知識を持ち、クライアント企業の独自の課題に対しても対応が可能です。加えて、各コンサルタントは、企業の成長に不可欠な中長期的な視点を持ち、システム開発、補助金申請を通じて企業の未来を形作ることを目指しています。

システム開発案件で90％以上の採択率を誇る採択率、実績

当社の誇るシステム開発案件の採択率は90％を超え、多くの企業様に採択を提供してきました。特にものづくり補助金では、令和元年からの申請で複数回の公募で100％の採択を達成した実績もあります。単なる書類提出にとどまらず、事業の発展に直結する補助金活用を目指しています！

経済産業省の補助金に強い！1,500社以上の支援実績

これまでに1,500社以上の企業様への補助金申請を支援。補助金・助成金採択支援どっとコムでは多くの開発案件、成功事例を築いてきました。特に、申請書の内容に企業の成長戦略を明確に反映させることを得意としています。また、申請後の実行計画においても、補助金を最大限に活用した運用体制のサポートが可能です。

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システム開発で補助金を利用するメリットとデメリット

例えば「ものづくり補助金」など、様々な補助金がシステム開発やアプリ開発で利用できます。ただし、補助金を活用するにはメリットやデメリットも。まず、それらを押さえた上で、補助金活用を検討すると良いでしょう！

システム開発の補助金活用メリット

1. 資金負担の軽減
   補助金を活用することで、システム開発にかかる費用の一部を政府や自治体から支援してもらえます。これにより、初期投資の負担や資金繰りに余裕が生まれ、他の事業活動への投資が可能になります。また、資金面の不安など、新事業などをスタートするための心理的な負担も軽減することができるでしょう。

2. 技術革新の促進
   補助金が支給されることで、リスクを取って新しい技術に挑戦することができます。例えばAI導入のように、システム開発における技術革新や高度な開発に対して積極的になれる可能性があります。特に、AIやIoT、クラウドなどの先進技術を活用したプロジェクトには有益ですし、これらの高度な技術活用は採択も受けやすいでしょう。

3. 企業イメージの向上
   補助金を受けて事業を進めていることは、社会的に信頼された企業であるという証明となります。例えば企業のブランド価値や信用度の向上にもつながります。また、自治体や政府と連携することで、社会的責任を果たしているというアピールにもなります。

システム開発の補助金活用デメリット

1. 申請手続きの煩雑さ
   補助金の申請には、例えば交付申請書類の提出や、終了後の実績報告の提出など、審査が必要で、申請手続きが非常に煩雑で時間がかかる場合があります。さらに、申請条件が厳しいことも多いため、事前準備がしっかりと必要です。

2. 進行管理の複雑さ
   補助金を受けた後は、例えば、その使途を証明するために進行状況の報告や経費の証明を行わなければならない場合が多いです。これには追加の管理業務や書類作成が必要となり、負担が増えることがあります。

3. 補助金の対象外費用
   補助金が支給される場合、その対象となる費用が限定的であることが多いです。例えば、人件費や開発にかかわる外注費、特定のソフトウェアのライセンス費用などが補助金の対象外となることがあり、これにより実際の開発コストが想定よりも高くなる可能性があります。

4. 利用の自由度が制限される
   補助金には利用目的が明確に定められており、その範囲内でのみ使用することが求められます。例えば既存事業に活用したくても、受給した補助金が足枷となったり、事業がうまくいかなくてもやめられない、といったケースもありますので注意してください。

2025年版システム開発・アプリ開発で使える補助金まとめ

「2025年版システム開発・アプリ開発で使える補助金」いかがでしょうか？例えば、2025年人気の補助金、ものづくり補助金や新事業進出補助金など、高額なシステムの開発でも申請が可能です。しかし、これらの補助金は金額が大きい反面、審査も厳しく、採択のハードルも高いものです。そんな時はコンサルタントの活用を検討すると良いでしょう。

執筆者のご紹介

「2025年版システム開発・アプリ開発で使える補助金」執筆者紹介

補助金支援コンサルタント

中小企業診断士　姫田　光太

ものづくり補助金申請支援では通算50件以上連続採択、連続採択継続中。小規模事業者持続化補助金12連勝、IT補助金では32件中30件採択。また、ものづくり製造業の採択率100％。さらに、平成29年度補正予算（平成30年実施）、平成30年度補正予算（平成31年実施）経済産業省系の補助金支援の採択率は100％。事業再構築補助金のアドバイス支援では採択率90％以上継続中！

ものづくり補助金アドバイザーとしての活動

現在では補助金・助成金採択支援どっとコムのチーフコンサルタントとして活動。また、補助金コンサルタントを養成する補助金・事業計画策定講座のメイン講師を務めるなど精力的に活動中。経営者の想いを伝える事業計画づくりがモットーの補助金申請支援コンサルタント。

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